Mecha-ude, yıllar önce Dünya'ya gelen ve insanlarla birleşen uzaylı yaşam formlarının hikayesini anlatan, aksiyon ve bilimkurgu temalı bir anime serisidir. Bu varlıklar, insanlarla kaynaştıklarında, mekanik uzuvlara benzemeleri nedeniyle "Mecha-ude" olarak adlandırılmışlardır. İnsanlarla birleşerek onlara inanılmaz güçler kazandıran bu Mecha-ude'lar, hem tehlike hem de büyük bir güç kaynağı haline gelmiştir. Hikayenin merkezinde, sıradan bir ortaokul öğrencisi olan Hikaru Amatsuga bulunmaktadır. Hikaru, farkında olmadan çok nadir ve özel bir Mecha-ude olan Arma ile bir ortaklık kurar. Arma, son derece güçlü ve nadir bir Mecha-ude'dir ve bu yüzden birçok kişi onun peşindedir. Onu korumak için, ARMS adlı direniş grubundan Aki Murasame, çift Mecha-ude kullanıcısı olarak Hikaru'nun peşine takılır. Aki, aynı zamanda birçok arkadaşını tehlikeye atan gizemli bir Yılan-Tipi Mecha-ude kullanıcısını aramaktadır. Öte yandan, Kagami Grubu adında gizemli bir organizasyon, sınırsız güç sağlayacağı söylenen efsanevi "Trigger Arm" Mecha-ude'sini aramaktadır. Aki'nin hayatı bu grup tarafından tehdit altına girince, Hikaru ve Arma cesaretlerini toplayarak bu karanlık organizasyona karşı savaşmak zorunda kalır. Bu mücadele sırasında Hikaru, sıradan hayatının sonsuza dek değişeceğini öğrenecektir.